¿Es correcto escribir «Hola... ¿cómo estás?» o falta una coma?

Los puntos suspensivos no reemplazan a la coma. Si es un solo enunciado, debe incluirse. Si son dos, la interrogación comienza con mayúscula:

«Hola..., ¿cómo estás?». 

«Hola... ¿Cómo estás?».