¿Es preferible escribir paréntesis o rayas para enmarcar una aclaración?

Cualquiera de las dos opciones es válida: ambos signos sirven, entre otras cosas, para introducir incisos en una oración principal. La elección de un signo o de otro dependerá de los gustos o preferencias del autor. 

En caso de que dentro de un inciso queramos escribir otro inciso debemos seguir siempre la jerarquía paréntesis > rayas:

Estaban preocupados (y no era para menos —ya era la segunda vez que desaparecías—) porque era tarde y no habías vuelto.

Ambos son signos dobles, con apertura y cierre: no podemos escribir solo el primer signo y no el segundo, incluso si el final de la oración acaba con ese inciso.